Офіційно музей відкрили 30 грудня 1904 року, але саме 5 серпня 1899 року вважається датою заснування Національного музею. Цього дня у п’яти залах недобудованого Київського художньо-промислового і наукового музею (стара назва — ред.) провели археологічну виставку, присвячену XI археологічному з’їзду.
Значний внесок у розвиток музею зробив Богдан Ханенко, він подарував свою археологічну колекцію з 3145 предметів у постійну колекцію музею. М. Мусіна-Пушкіна пише, що Ханенко: «все літо, не жаліючи сил і здоров’я, керував побудовою музею від дня його закладки та довів до такого блискучого закінчення». Ще одну важливу роль у творенні історії музею відіграв Микола Біляшівський. Він став першим директором інституції, який задав курс на національне спрямування музею.
Зараз музей активно працює та розвивається. Нову айдентику на назву для інституції створила Banda Agency.
Листівка початку ХХ століття
Експозиція археологічного відділу музею. Початок ХХ століття.
Директор музею Микола Біляшівський та український живописець, графік, етнограф Порфирій Мартинович на Першій артистичній виставці, що відбулась у музеї у 1911 році.